2. Stationaire fase :Bij gelelektroforese is de stationaire fase een gel (agarose of polyacrylamide), terwijl bij papierchromatografie de stationaire fase een vel absorberend papier is.
3. Scheiding van stoffen :Het verschil in bewegingssnelheid door de stationaire fasen scheidt stoffen bij beide technieken.
4. Visualisatie :Na de scheiding worden stoffen zichtbaar gemaakt met behulp van geschikte kleur- of detectiemethoden.