De game richt zich op het vangen van schaduw-Pokémon en ze terugbrengen naar hun oorspronkelijke vorm , niet op traditionele zuivering.
Zo werkt het proces:
1. Een schaduw-Pokémon vangen: Je komt Shadow Pokémon tegen in het spel en je moet ze vangen met behulp van de 'Snag Machine'.
2. Train en bouw een band op: Je traint je Schaduw Pokémon en bouwt een band met ze op. Dit doe je door te vechten en items te gebruiken.
3. Zuiveren met de Purify Orb: Zodra een Schaduw-Pokémon een voldoende hoog bindingsniveau heeft bereikt, kun je de Purify Orb gebruiken hun ware vorm te herstellen. Hierdoor wordt de donkere uitstraling van de Shadow Pokémon verwijderd en worden hun oorspronkelijke eigenschappen en uiterlijk hersteld.
Dus in plaats van Pokémon te 'zuiveren', bevrijd je ze feitelijk uit hun schaduwvorm .