* Bergen: De Zijderoute liep door enkele van de hoogste bergketens ter wereld, waaronder de Himalaya, de Karakoram en de Hindu Kush. Deze bergen maakten reizen moeilijk en gevaarlijk, omdat ze vaak bedekt waren met sneeuw en ijs.
* Woestijnen: De Zijderoute liep ook door enkele van de droogste woestijnen ter wereld, waaronder de Gobi-woestijn en de Taklamakan-woestijn. Deze woestijnen waren extreem heet en droog, en er was vaak een gebrek aan water en voedsel.
* Rivieren: De Zijderoute doorkruiste een aantal grote rivieren, waaronder de Ganges, de Indus en de Eufraat. Deze rivieren waren vaak moeilijk over te steken, vooral tijdens het moessonseizoen.
* Bossen: De Zijderoute liep ook door enkele dichte bossen, waaronder de bossen van Centraal-Azië en de oerwouden van Zuidoost-Azië. Deze bossen waren vaak de thuisbasis van wilde dieren, wat gevaarlijk kon zijn voor reizigers.
Naast deze geografische kenmerken werd de Zijderoute ook bemoeilijkt door de aanwezigheid van bandieten, overvallers en andere gevaren. Als gevolg hiervan moesten reizigers op de Zijderoute voor de veiligheid vaak in grote caravans reizen.