Goed versus kwaad: De roman onderzoekt het klassieke thema van goed versus kwaad, vertegenwoordigd door Sherlock Holmes en de Hound. Holmes belichaamt de kracht van de rede en deductie, terwijl de Hound de krachten van duisternis en bijgeloof symboliseert.
De menselijke conditie: De roman duikt ook in de menselijke conditie, met name de thema's angst, schuldgevoel en verlossing. Sir Henry Baskerville wordt achtervolgd door de vloek van zijn familie, terwijl Dr. Mortimer worstelt met schuldgevoelens over de dood van Sir Charles Baskerville. Holmes vertegenwoordigt echter de triomf van het menselijk intellect over bijgeloof en angst.