De oorlog begint wanneer Portgas D. Ace, de tweede divisiecommandant van de Whitebeard Pirates en de biologische zoon van Gol D. Roger, de voormalige Piratenkoning, wordt gevangengenomen door de mariniers en gepland staat voor executie. Ace's broer, Monkey D. Luffy, de hoofdpersoon van de serie, en zijn bemanning, de Straw Hat Pirates, proberen Ace te redden, wat leidt tot een botsing met de mariniers.
Naarmate de strijd escaleert, raken machtigere individuen en groepen erbij betrokken, waaronder de drie Admirals of the Marines, de Seven Warlords of the Sea en zelfs voormalige vijanden van de Whitebeard Pirates die ervoor kiezen om naast hen te vechten. De strijd wordt gekenmerkt door intense gevechten, verraad en persoonlijke offers, waarbij beide partijen zware verliezen lijden.
De Paramount War heeft verschillende belangrijke gevolgen voor de One Piece-wereld. Het verandert de machtsverhoudingen tussen de mariniers en de piratenbemanningen, wat leidt tot een nieuw tijdperk van piraterij. Het onthult ook belangrijke informatie over de geschiedenis en geheimen van het One Piece-universum, inclusief de ware aard van de Devil Fruits en het bestaan van de Ancient Weapons.
Over het geheel genomen is de Paramount War een cruciale gebeurtenis in het One Piece-verhaal die de toekomst van de serie vormgeeft en blijvende gevolgen heeft voor de personages en de wereld waarin ze leven.