Films:
* Mooi in roze (1986) :Deze tienerromcom is misschien wel zijn beroemdste rol.
* Superman IV:De zoektocht naar vrede (1987) :Hij speelde de rol van Lenny Luthor, de zoon van Lex Luthor.
* De Drie Musketiers (1993) :Een komische kijk op het klassieke verhaal waarin hij Planchet speelde.
* Hete schoten! (1991) en Hete schoten! Deel Deux (1993) :Twee parodiefilms met Charlie Sheen in de hoofdrol, waarin Cryer een bijrol speelde.
* Dumb en Dumber (1994) :Een kleine maar memorabele rol als ober.
* Gewoon op bezoek (2001) :Een Frans-Amerikaanse komedie waarin Cryer een middeleeuwse ridder speelt.
* Het probleem met mannen (2010) :Een romantische komedie met een sterrencast.
* Hitman (2012) :Een thriller over een huurmoordenaar die de taak heeft een Amerikaanse senator te vermoorden.
Televisie:
* De beroemde Teddy Z (1989-1990) :Zijn eerste hoofdrol in een tv-sitcom.
* Het probleem met Larry (1993-1994) :Een kortstondige sitcom waarin Cryer het titelpersonage speelde.
* Partners (2011-2012) :Hij speelde samen met Michael Urie in deze sitcom over een partnerschap tussen twee advocaten.
* Twee en een halve man (2003-2015) :Cryer's doorbraakrol als het personage Alan Harper, waarmee hij vier Primetime Emmy Awards voor beste mannelijke bijrol in een comedyserie opleverde.
* Moeder (2013-2021) :Hij voegde zich in seizoen 4 bij de cast van deze sitcom en speelde de rol van Adam, de liefdesbelang van Christy (gespeeld door Anna Faris).
* Godfather van Harlem (2019-heden) :Cryer speelt de rol van burgemeester Robert Wagner, de corrupte burgemeester van New York City ten tijde van misdaadbaas Bumpy Johnson.
Dit is slechts een selectie van zijn meest opmerkelijke projecten. Jon Cryer is gedurende zijn hele carrière betrokken geweest bij tal van andere film- en televisieprojecten. Hij is een veelzijdige en getalenteerde acteur die heeft bewezen zowel komische als dramatische rollen te kunnen spelen.