Boeken :
- Geschiedenis doen:een handboek voor historisch onderzoek (2001)
- Een korte geschiedenis van het katholieke denken (2002)
- Protestantisme:een zeer korte introductie (2006)
- Hoe de kerkvaders te lezen (2010)
- De essentie van het christendom (2012)
- Filosofie:een korte geschiedenis (2014)
- De christelijke visie op de menselijke natuur (2016)
- De filosofie van religie:een cursusboek (2017)
- The Oxford Handbook of Early Christian Studies (2019, onder redactie van Hugh Denard)
- De geest van de Reformatie (2021)
Artikelen en bijdragen :
- "De rol van de kerk in het christelijk humanisme" in The Cambridge Companion to Christian Humanism (2009)
- "Het katholieke denken en de moderne wereld" in The Wiley-Blackwell Companion to Katholicisme (2010)
- "De ontwikkeling van het natuurrecht in het christelijk denken" in The Oxford Handbook of Natural Law (2011)
- "Thomas van Aquino over geloof en rede" in The Stanford Encyclopedia of Philosophy (2014)
- "De erfenis van de scholastiek" in The Routledge Companion to the History of Philosophy (2015)
Naast zijn boeken heeft Troeger artikelen en hoofdstukken bijgedragen aan verschillende wetenschappelijke tijdschriften en delen geredigeerd, waarin hij de geschiedenis van het christendom, theologische thema's en het snijvlak van filosofie en religie onderzoekt.