Dit is wat we weten over zijn muzikale output:
* Hij was in de eerste plaats een kerkmuzikant. Dit is waarschijnlijk de reden waarom de meeste van zijn composities bedoeld waren voor religieuze diensten, zoals cantates, motetten en orgelwerken.
* Er wordt aangenomen dat hij verschillende cantates en koralen heeft geschreven. Helaas is geen van deze bewaard gebleven.
* Hij schreef ook een paar keyboardstukken. Sommige hiervan zijn nog steeds aanwezig, waaronder "Allein Gott in der Höh sei Ehr" en "Christ lag in Todesbanden", die worden beschouwd als vroege voorbeelden van barokke orgelmuziek.
Het is van cruciaal belang om te onthouden dat onze kennis van het werk van Johann Christoph Bach zeer beperkt is vanwege het gebrek aan overgebleven manuscripten. Daarom is het onmogelijk om een alomvattende lijst van zijn composities te geven.
De overgebleven werken bieden echter waardevol inzicht in de muzikale omgeving waarin Johann Sebastian Bach opgroeide en werd beïnvloed.