Uit de resultaten van Geiger en Marsden bleek dat:
* De meeste alfadeeltjes gingen rechtstreeks door de goudfolie. Dit kwam overeen met het pruimenpuddingmodel, omdat men dacht dat de positieve lading door het atoom verspreid was.
* Een klein deel van de alfadeeltjes werd onder grote hoeken afgebogen, sommige verspreidden zich zelfs terug naar de bron. Dit was volkomen onverwacht en kon niet worden verklaard door het pruimenpuddingmodel.
Deze onverwachte resultaten leidden tot de ontwikkeling van een nieuw atoommodel door Ernest Rutherford in 1911. Hij stelde het nucleaire model voor , wat suggereerde dat:
* Het atoom heeft een kleine, dichte, positief geladen kern in het midden. Deze kern is verantwoordelijk voor het grootste deel van de massa van het atoom.
* Negatief geladen elektronen draaien op een wolkachtige manier rond de kern.
Het nucleaire model verklaarde met succes de resultaten van het experiment van Geiger en Marsden. De waargenomen grote afbuigingen werden veroorzaakt doordat de alfadeeltjes in botsing kwamen met de positief geladen kern, terwijl het merendeel van de deeltjes erdoorheen ging omdat het atoom grotendeels uit lege ruimte bestaat.
Daarom het nucleaire model van het atoom wordt ondersteund door de resultaten van Geiger en Marsden.