- Moraliteit en nut (1891):In dit boek betoogt Thomson dat moraliteit gebaseerd is op nut, of op het principe van het maximaliseren van geluk en het minimaliseren van pijn. Hij verdedigt dit standpunt tegen diverse kritiekpunten, waaronder de beschuldiging dat het tot egoïsme leidt en dat het de morele betekenis van bepaalde handelingen niet kan verklaren.
- De utilitaire rechtstheorie (1893):In dit werk past Thomson het beginsel van nut toe op de rechtsfilosofie. Hij stelt dat de wet ontworpen moet worden om het grootste geluk van het grootste aantal mensen te bevorderen, en dat dit principe gebruikt moet worden om wettelijke regels en beslissingen te interpreteren en evalueren.
- Politieke ethiek (1895):In dit boek bespreekt Thomson de ethische grondslagen van politieke instellingen. Hij stelt dat de staat gerechtvaardigd is als middel om het menselijk welzijn te bevorderen, en dat de beste regeringsvorm er een is die dit doel het meest effectief bereikt.
- Het probleem van het kwaad (1910):In dit werk gaat Thomson in op de vraag waarom er kwaad in de wereld is als God bestaat. Hij stelt dat het kwaad niet in strijd is met het bestaan van een welwillende God, en dat het verklaard kan worden door het principe van de vrije wil en de eindige aard van de mens.
- Geschiedenis van de antieke filosofie (1921):Dit boek geeft een uitgebreid overzicht van de geschiedenis van de filosofie vanaf de oude Grieken tot de middeleeuwen. Thomson bespreekt de belangrijkste filosofen en filosofische stromingen van deze periode, en analyseert hun bijdragen aan de filosofie.
Dit zijn slechts enkele van de werken geschreven door Francis Paul Thompson. Hij was een productief schrijver en zijn werken hebben een aanzienlijke invloed gehad op de ontwikkeling van de morele en politieke filosofie.