- Zijn experimentele methoden waren niet altijd rigoureus. Hij vertrouwde soms op anekdotisch bewijs en controleerde niet altijd voor variabelen. Dit leidde ertoe dat sommige van zijn conclusies onjuist waren.
- Hij was soms te snel met het generaliseren van zijn experimenten. Vaak deed hij ingrijpende uitspraken op basis van een beperkt aantal observaties. Dit leidde ertoe dat sommige van zijn theorieën te simpel waren.
- Hij stond niet altijd open voor nieuwe ideeën. Hij verzette zich soms tegen nieuwe theorieën die de zijne tegenspraken. Dit weerhield hem ervan enkele belangrijke ontdekkingen te doen.
Ondanks deze zwakke punten was Robert Boyle een briljante wetenschapper die belangrijke bijdragen aan de wetenschap heeft geleverd. Zijn werk hielp de basis te leggen voor de moderne scheikunde en natuurkunde.