Bruno's vader wordt gepromoveerd tot commandant van Auschwitz en het gezin verhuist naar het concentratiekamp. Bruno is in de war en van streek door de veranderingen in zijn leven. Hij begrijpt niet waarom hij zijn vrienden en huis moet achterlaten, en hij begrijpt niet wat er met de mensen in het concentratiekamp gebeurt.
Bruno ontmoet Shmuel.
Op een dag verkent Bruno het terrein van het concentratiekamp als hij aan de andere kant van het hek een jonge jongen ziet. De jongen draagt een gestreepte pyjama en hij ziet er erg verdrietig uit. Bruno begint met de jongen te praten en ze worden vrienden. Shmuel vertelt Bruno over zijn leven in het concentratiekamp, en Bruno begint de verschrikkingen te begrijpen van wat er gebeurt.
Bruno sluipt het concentratiekamp binnen.
Op een dag besluit Bruno het concentratiekamp binnen te sluipen om Shmuel te bezoeken. Hij trekt een gestreepte pyjama aan en sluipt door het hek. Bruno vindt Shmuel en ze brengen de dag samen door. Ze spelen spelletjes, praten en lachen. Bruno realiseert zich dat er zelfs in de donkerste tijden nog steeds hoop is.
Bruno en Shmuel worden vermoord.
De volgende dag worden Bruno en Shmuel opgepakt door de nazi's. Ze worden naar een kamer gebracht en krijgen een dodelijke injectie. Bruno en Shmuel sterven samen, en hun lichamen worden verbrand in het crematorium.
De jongen in de gestreepte pyjama is een krachtig en ontroerend verhaal over de Holocaust. Het is een verhaal over vriendschap, onschuld en de kracht van hoop.