De spanning stijgt terwijl Thomas en zijn vrienden voor hun grootste uitdagingen tot nu toe staan. Ze moeten door de verraderlijke gangen van het doolhof navigeren terwijl ze worden achtervolgd door de meedogenloze Grievers, mechanische wezens die door het doolhof zwerven en een dodelijke bedreiging vormen. De climax bereikt zijn hoogtepunt wanneer Thomas de maker van het doolhof, Ava Paige, confronteert en de moraliteit en motieven achter het WCKD-experiment in twijfel trekt.
Te midden van chaos en gevaar ontdekken Thomas en de Gladers de geheimen achter het doolhof en de redenen voor hun opsluiting. Ze komen in het reine met de offers die ze moeten brengen om los te komen en de waarheid over de bedoelingen van WCKD bloot te leggen.
Het hoogtepunt van de Maze Runner wordt gekenmerkt door intense actiescènes, emotionele confrontaties en onthullingen die de loop van het verhaal veranderen en het toneel vormen voor de gebeurtenissen die zich in de volgende boeken van de serie zullen ontvouwen.