- De Garvan-Olin-medaille van de American Chemical Society (1983):Deze prestigieuze onderscheiding beloont uitmuntende prestaties op het gebied van de chemie.
- De Tolman-medaille van de Southern California Section van de American Chemical Society (1985):Deze onderscheiding wordt uitgereikt aan een persoon die een belangrijke bijdrage heeft geleverd op het gebied van de chemie.
- De American Association for the Advancement of Science (AAAS) Fellows Award (1987):Deze prijs wordt toegekend aan personen die een uitmuntende bijdrage hebben geleverd aan de vooruitgang van de wetenschap.
- De Nationale Organisatie voor Vrouwen (NOW) Vrouw van het Jaar Award (1990):Deze prijs erkent de belangrijke bijdragen van vrouwen op verschillende terreinen.
- De L'Oréal-UNESCO For Women in Science Awards (2005):Marie Daly was een van de vijf ontvangers van deze prijs, die uitzonderlijke prestaties van vrouwen op het gebied van wetenschappelijk onderzoek erkent.
- De National Medal of Science (2005):Dit is een van de hoogste onderscheidingen die aan wetenschappers in de Verenigde Staten wordt toegekend, als erkenning voor hun uitmuntende bijdragen op dit gebied.
De prestaties en impact van Marie M. Daly op het gebied van de chemie worden algemeen erkend en gevierd, en haar onderscheidingen dienen als een bewijs van haar uitzonderlijke prestaties en bijdragen.