1. Ridder Commandeur in de Orde van de Kroon van Italië :In 1889 eerde koning Umberto I van Italië Flagler met de titel van Commandeur in de Orde van de Kroon van Italië. Deze prestigieuze onderscheiding werd hem toegekend als erkenning voor zijn bijdragen aan de ontwikkeling van het toerisme in Florida.
2. Het Legioen van Eer :In 1904 ontving Flagler het Legioen van Eer, de hoogste onderscheiding die door de regering van Frankrijk wordt toegekend. Deze eer werd aan Flagler toegekend voor zijn prestaties in de hotelsector en zijn bijdragen aan de ontwikkeling van de Franse Rivièra.
3. De Roosevelt-medaille :In 1915 ontving Flagler de Roosevelt Medal van de National Civic Federation, een prestigieuze organisatie die zich inzet voor het bevorderen van sociale en economische hervormingen. De medaille werd uitgereikt als erkenning voor Flaglers visie, leiderschap en filantropie.
4. Eredoctoraten :Flagler werd ook door verschillende onderwijsinstellingen erkend voor zijn prestaties. Hij ontving eredoctoraten van onder meer Stetson University, Rollins College en de University of Florida. Deze graden erkenden zijn bijdragen aan het onderwijs en zijn inzet voor de vooruitgang van kennis.
5. Burger- en gemeenschapsonderscheidingen :Naast deze formele onderscheidingen werd Flagler zijn hele leven ook geëerd door verschillende maatschappelijke en gemeenschapsorganisaties. Hij ontving talloze plaquettes, certificaten en resoluties ter erkenning van zijn bijdragen aan de groei en ontwikkeling van verschillende regio's in Florida.
Deze prijzen en onderscheidingen weerspiegelen de hoge waardering die Flagler tijdens zijn leven koesterde. Hij werd algemeen erkend vanwege zijn visionaire geest, zijn toewijding aan het opbouwen van de toeristenindustrie in Florida en zijn filantropische inspanningen die een blijvende impact op de staat hadden.