- MTV Europe Music Awards 2007:Beste rock
- MTV Video Music Awards 2010:Beste alternatieve video ("Kings and Queens")
- MTV Video Music Awards 2011:Beste rockvideo ("Closer to the Edge")
- MTV Video Music Awards 2013:Beste alternatieve video ("Up in the Air")
- Billboard Music Awards 2014:Toprocknummer ("Up in the Air")
- iHeartRadio Music Awards 2015:Beste alternatieve rocknummer van het jaar ("Walk on Water")
- Alternatieve persmuziekprijzen 2017:beste liveband
- Lo Nuestro Awards 2018:pop-/rocknummer van het jaar ("Rescue Me")
Naast deze prijzen is 30 Seconds to Mars ook genomineerd voor tal van andere prijzen, waaronder Grammy Awards en Brit Awards.