De film begint in de jaren zeventig als Steve Jobs en Steve Wozniak in de garage van Jobs' ouders werken aan de ontwikkeling van de Apple I-computer. Jobs wordt getoond als een visionair en perfectionist, terwijl Wozniak wordt afgebeeld als het technische genie achter hun creaties.
Ondertussen is Bill Gates een drop-out van Harvard die samen met zijn jeugdvriend Paul Allen in 1975 Microsoft opricht. Gates wordt afgeschilderd als een slimme zakenman met een intense drang om te slagen.
Naarmate Apple en Microsoft groeien, wordt de rivaliteit tussen Jobs en Gates steeds groter. Jobs is vastbesloten een revolutionaire gebruiksvriendelijke computer te creëren, terwijl Gates zich richt op het maken van software die op elk hardwareplatform kan draaien.
De film vertelt het verhaal van de lancering van Apple's Macintosh in 1984, de ontwikkeling van Microsoft Windows en de opkomst van grafische gebruikersinterfaces (GUI's). Het bevat ook dramatiseringen van belangrijke gebeurtenissen, zoals de beroemde bijeenkomst van de "Homebrew Computer Club", waar Jobs voor het eerst de Apple I, het "Lisa"-project demonstreert, en de juridische strijd tussen Apple en Microsoft over intellectuele eigendomsrechten.
Gedurende de hele film leiden Jobs' obsessie voor perfectie en zijn compromisloze houding vaak tot conflicten met zijn collega's en werknemers. Gates daarentegen wordt getoond als een meer pragmatische en berekenende leider die bereid is compromissen te sluiten om zijn doelen te bereiken.
'Pirates of Silicon Valley' biedt een inzichtelijke blik op de begindagen van de technologie-industrie en toont de passie, ambitie en rivaliteit die de ontwikkeling van personal computers en software hebben bepaald. De film belicht de bijdragen van Jobs, Gates en andere visionairs die een revolutie teweegbrachten in het digitale tijdperk.