Met de hulp van zijn vriendin Karen (Lily Collins) ontsnapt Nathan uit de faciliteit en gaat op de vlucht. Ze moeten gevangenneming ontwijken terwijl ze proberen de grotere samenzwering achter deze experimenten bloot te leggen. Nathans telekinetische krachten worden steeds sterker en hij begint ze te gebruiken om terug te vechten tegen de overheidsagenten die hem achtervolgen.
In een klimatologische strijd confronteert Nathan de leider van de geheime organisatie en onthult de waarheid over hun activiteiten aan het publiek. De film eindigt met de ontsnapping van Nathan en Karen en herenigd met Karen's moeder. De ontmaskering van de experimenten van de regering leidt tot publieke verontwaardiging en de ontbinding van de geheime organisatie.
Het einde laat de mogelijkheid open voor toekomstige avonturen voor Nathan terwijl hij zijn krachten blijft ontwikkelen en meer leert over zijn ware afkomst.