De film vertelt het verhaal van twee beste vrienden, Rafe en Danny, die beiden piloten zijn bij de Amerikaanse marine. Rafe is verliefd op een verpleegster genaamd Evelyn, die ook Danny's vriendin is. De film onderzoekt thema's als liefde, vriendschap en patriottisme in de context van de verwoestende gebeurtenissen in Pearl Harbor en de daaropvolgende oorlog.
De film belicht de offers die het Amerikaanse volk tijdens de oorlog heeft gebracht en het belang van eenheid en veerkracht in tijden van crisis.