De verdwijningsdaad wordt toegeschreven aan de verschijning van een mysterieuze schimmige figuur die bekend staat als "Darkrai", van wie wordt aangenomen dat hij verantwoordelijk is voor de verdwijnende Pokémon. De ware oorzaak van de verdwijningsdaad blijft echter een mysterie, en de Pokémon Rangers hebben de taak om de waarheid achter deze buitengewone gebeurtenis te onderzoeken en bloot te leggen.