1. Dementoraanval: Het boek begint met Harry die wordt aangevallen door Dementors terwijl hij op weg is naar het huis van zijn Dreuzel-neef Dirk. Hij gebruikt een Patronus-toverspreuk om de Dementors te bestrijden, maar zijn illegale gebruik van magie buiten Zweinstein leidt ertoe dat hij van school wordt gestuurd.
2. Orde van de Feniks: Sirius Zwarts, Harry's peetvader, deelt hem mee dat het Ministerie van Toverkunst berichten over de terugkeer van Voldemort probeert te onderdrukken. Om dit tegen te gaan, vormt Perkamentus de Orde van de Feniks, een geheime organisatie die zich inzet voor de strijd tegen Voldemort en zijn volgelingen.
3. Ministeriepropaganda: Het Ministerie brengt Harry's verhaal over Voldemorts terugkeer in diskrediet en bestempelt hem als een leugenaar en aandachtzoeker. De Ochtendprofeet, een tovenaarskrant, publiceert negatieve artikelen over Harry, waardoor zijn reputatie verder wordt aangetast.
4. Verdediging tegen de Zwarte Kunsten: Dorothea Omber, een hoge functionaris van het ministerie, wordt aangesteld als de nieuwe professor Verweer tegen de Zwarte Kunsten op Zweinstein. Ze weigert studenten praktische verdedigingsspreuken te leren en beweert dat theoretische kennis voldoende is.
5. Studentenopstand: Gefrustreerd door de methoden van Omber en de onwil van het Ministerie om de waarheid over Voldemort te accepteren, vormen Harry, Hermelien Griffel en Ron Wemel een ondergrondse studentenorganisatie genaamd Perkamentus Leger. Ze ontmoeten elkaar in het geheim om de juiste verdediging tegen de Zwarte Kunsten te leren.
6. Een profetie onthulde: Harry leert uit een profetie verborgen in het Departement van Mystificatie dat hij of Voldemort de ander moet doden om te overleven. Hun lot is onlosmakelijk met elkaar verbonden.
7. Gevecht op het Departement van Mystificatie: Voldemort lokt Harry en zijn vrienden naar het Departement van Mystificatie, op zoek naar de profetie die volgens hem zijn onsterfelijkheid zal garanderen. Er ontstaat een gespannen strijd tussen het leger van Perkamentus en de Dooddoeners, de volgelingen van Voldemort. Sirius Zwarts sterft tijdens het conflict en verwoest Harry.
8. De waarheid onthuld: Harry wordt vrijgesproken nadat het Ministerie van Toverkunst getuige is geweest van de terugkeer van Voldemort. Perkamentus bevestigt dat Voldemort probeerde Harry als baby te bezitten, maar dat mislukte.
9. Nasleep en cliffhanger: Het boek eindigt met de tovenaarswereld in hoge staat van paraatheid, wetende dat een aanzienlijke strijd tegen Voldemort en zijn strijdkrachten onvermijdelijk is.
"Harry Potter and the Order of the Phoenix" onderzoekt thema's als vriendschap, moed en het belang van vechten voor het goede, te midden van een climaxstrijd die de loop van de serie verandert.