De Arsenal Gear is een enorme onderzeeër bewapend met kernwapens. Het wordt gecontroleerd door Solidus Snake, de leider van de Sons of Liberty, een terroristische organisatie. Raiden, het personage van de speler, moet de Arsenal Gear infiltreren en Solidus ervan weerhouden de kernwapens te gebruiken.
De strijd met Solidus is een spannend en uitdagend gevecht. Solidus is een krachtige tegenstander en hij gebruikt een verscheidenheid aan wapens en technieken om Raiden te verslaan. Raiden moet al zijn vaardigheden en capaciteiten gebruiken om Solidus te verslaan en de wereld te redden.
De vernietiging van de Arsenal Gear en het eindgevecht met Solidus Snake is een gedenkwaardig moment omdat het een keerpunt in het spel is. Het is het punt waarop Raiden eindelijk zijn vijanden verslaat en de wereld redt. Het is ook een moment van grote catharsis, wanneer Raiden eindelijk wraak neemt voor de dood van zijn ouders.