Enkele van de belangrijkste verschillen tussen de manga en anime zijn:
* De volgorde van de gebeurtenissen is anders. In de manga vinden sommige gebeurtenissen eerder of later plaats dan in de anime. In de manga ontmoet Teito Klein Frau bijvoorbeeld in het eerste hoofdstuk, terwijl ze elkaar in de anime pas in aflevering 8 ontmoeten.
* Sommige karakters zijn anders. In de manga zijn er enkele personages die niet in de anime voorkomen, en sommige personages die in de anime voorkomen, verschijnen niet in de manga. Het karakter van Ceres komt bijvoorbeeld niet voor in de manga, terwijl het karakter van Mikage niet in de anime voorkomt.
* Het einde is anders. De manga en anime hebben verschillende eindes. In de manga eindigt de reis van Teito Klein en Frau anders dan in de anime.
Over het geheel genomen zijn de manga en anime van 07-Ghost twee verschillende en afzonderlijke interpretaties van hetzelfde verhaal. Hoewel ze enkele overeenkomsten delen, zijn er ook veel verschillen tussen de twee versies.