Er zijn twee hoofdkamers:
* De Schaduwkamer: Dit is waar je voor het eerst tegenover de Shadow Pokémon staat. Je moet ze bevechten om ze te zuiveren.
* De Kamer van Duisternis: Dit is de laatste kamer waar je tegenover de eindbaas staat, de leider van de Shadow Pokémon. Het is toegankelijk nadat je bepaalde taken hebt voltooid en verschillende schaduw-Pokémon hebt gezuiverd.
De exacte locatie binnen de Shadow Pokémon Facility wordt niet gespecificeerd in het spel, maar wordt meestal dieper in de faciliteit gevonden nadat je verder bent gekomen in het verhaal.