Groudon (grondtype)
* Gevonden in de Grot van Oorsprong nadat je de Elite Four hebt verslagen en kampioen bent geworden.
* Kan alleen worden gevangen nadat je de Rode Bol hebt verkregen.
Kyogre (watertype)
* Gevonden in de Grot van Oorsprong nadat je de Elite Four hebt verslagen en kampioen bent geworden.
* Kan alleen worden gevangen nadat je de Blue Orb hebt verkregen.
Rayquaza (Draak/Vliegend type)
* Gevonden in de Sky Pillar nadat Groudon en Kyogre zijn verslagen.
* Kan alleen worden gevangen nadat je de Red Orb en Blue Orb hebt verkregen.
Regirock (rocktype)
* Gevonden in de oude tempel in de woestijn, toegankelijk na het verkrijgen van de drie Regi-sleutels.
* Je moet de tempel activeren door de sleutels in een specifieke volgorde te gebruiken.
Regice (ijstype)
* Gevonden in de oude tempel in de woestijn, toegankelijk na het verkrijgen van de drie Regi-sleutels.
* Je moet de tempel activeren door de sleutels in een specifieke volgorde te gebruiken.
Registeel (staaltype)
* Gevonden in de oude tempel in de woestijn, toegankelijk na het verkrijgen van de drie Regi-sleutels.
* Je moet de tempel activeren door de sleutels in een specifieke volgorde te gebruiken.
Latias (type Draak/Psychisch)
* Gevonden op het Zuidereiland na het verkrijgen van de Eon Flute.
*Alleen verkrijgbaar na aanschaf van de Eon Flute.
Latios (type Draak/Psychisch)
* Gevonden op het Zuidereiland na het verkrijgen van de Eon Flute.
*Alleen verkrijgbaar na aanschaf van de Eon Fluit.
Jirachi (staal/psychisch type)
* Gevonden in het Wishmaker's House nadat je de Star Stone hebt verkregen.
* Dit is een zeldzame ontmoeting en je zult de Sterrensteen moeten gebruiken om hem wakker te maken.
Mew (psychisch type)
* Technisch niet verkrijgbaar via normale gameplay. Vereist een glitch- of cheat-apparaat om te verkrijgen.
Opmerking: Hoewel je technisch gezien Mewtwo kunt verkrijgen in Pokémon Emerald is het geen legendarische ontmoeting. Je kunt het vinden in het verlaten Pokémon Mansion in het Slateport City-gebied.