Het verhaal van de game draait om het 'Eggman Empire' een groep robots en monsters bestuurd door Dr. Eggman. Dit imperium bestaat uit verschillende 'Eggman-volgelingen', elk met unieke vaardigheden en uiterlijk.
Terwijl sommige van deze volgelingen, zoals de "Eierpion" en 'Eihoornaar' zijn bekend, andere zijn mysterieuzer. Degenen die het meest gewoonlijk "mysterieuze monsters" worden genoemd, zijn onder meer:
* "Ei Cerberus": Een driekoppige hondachtige robot met een krachtige boormachine.
* "Ei-golem": Een enorme, langzaam bewegende robot met een grote hamer.
* "Eierkoning": Een gigantische, troonachtige robot met krachtige lasers.
Dit zijn slechts een paar voorbeelden, en er verschijnen nog veel meer unieke en naamloze robots en monsters in het spel, wat bijdraagt aan het mysterie en de intriges.
Hoewel er dus geen enkel ‘mysterieus monster’ bestaat, draagt de collectieve aanwezigheid van deze unieke en intrigerende personages bij aan de boeiende en mysterieuze sfeer van Sonic Heroes.