1. Verkrijg het Eon-ticket:
A. Versla de Elite Four en word de Pokémon-kampioen.
B. Ga naar het Space Center in Mossdeep City.
C. Praat met de wetenschapper aan de linkerkant om het Eon Ticket te ontvangen.
2. Reis naar Zuidereiland:
A. Ga naar de kade in Lilycove City.
B. Praat met de matroos en selecteer 'Southern Island'.
3. Zoek Rayquaza:
A. Ga Sky Pillar binnen.
B. Klim naar de top van de toren en ga de kamer op de top binnen.
C. Rayquaza zal verschijnen.
4. Sla je spel op voordat je tegen Rayquaza vecht.
5. Verzwak Rayquaza:
A. Gebruik Pokémon met supereffectieve bewegingen tegen Dragon-types, zoals Ice-type moves.
B. Neem Pokémon mee die de HP van Rayquaza kunnen verlagen zonder dat hij flauwvalt.
C. Wees voorbereid op lange gevechten. Rayquaza heeft een hoge HP en statistieken.
6. Gooi een duikbal of ultrabal:
A. Duikballen hebben een hogere vangstsnelheid voor Pokémon die je onder water tegenkomt.
B. Ultra Balls hebben over het algemeen een hoog vangstpercentage.
C. Blijf duikballen/ultraballen gooien totdat Rayquaza wordt gevangen.
7. Ga door met resetten totdat je een glimmende Rayquaza tegenkomt.
Opmerking: Glanzende Pokémon hebben een zeer laag ontmoetingspercentage, dus het kan veel pogingen kosten voordat je een glimmende Rayquaza tegenkomt.