1. Dialga zal de tijdversnellingen die hij had geabsorbeerd loslaten, waardoor de tijdstroom weer normaal wordt.
2. De speler en zijn partner keren terug naar Treasure Town.
3. Dialga zal verschijnen en aan de speler en zijn partner uitleggen dat zijn acties nodig waren om een grotere catastrofe te voorkomen. Hij onthult dat een kracht die bekend staat als de "Dark Matter" de tijd heeft gemanipuleerd en verschillende vervormingen en storingen in de wereld heeft veroorzaakt.
4. Dialga geeft de speler en zijn partner de taak om Dark Matter te stoppen.
5. Na dit gesprek gaat het verhaal verder, waarbij de speler en zijn partner kerkers verkennen, tegen Pokemon vechten en nieuwe teamleden rekruteren terwijl ze werken om de waarheid achter Dark Matter te ontdekken en een einde te maken aan de snode plannen.