Zo werkt het Shadow Pokémon-systeem in Xenogears:
1. Een schaduw-Pokémon flauwvallen: Je kunt Shadow Pokémon flauwvallen in gevechten, net als elke andere vijand. Dit "vangt" ze niet echt.
2. De ware betekenis van "Capture": Het 'vangen' van een schaduw-Pokémon in Xenogears betekent het verslaan ervan in de strijd en vervolgens hun energie en herinneringen absorberen in je eigen personages . Dit wordt gedaan door gebruik te maken van de "Capture"-mogelijkheid , die beschikbaar is voor bepaalde karakters.
3. De mogelijkheid om te "vangen": De vaardigheid 'Capture' is niet iets dat je leert of koopt; het maakt deel uit van de inherente capaciteiten van het personage. Wanneer een personage de vaardigheid 'Capture' kan gebruiken, kun je tijdens gevechten een speciaal commando zien nadat je een Shadow Pokémon hebt verslagen. Door dit commando te gebruiken, kun je hun energie en herinneringen absorberen.
Daarom kun je een flauwgevallen Schaduw-Pokémon niet opnieuw "vangen". Zodra je een Schaduw-Pokémon hebt verslagen, absorbeer je ze (via Capture) of zijn ze voor altijd verdwenen.
De game-ontwerpers hebben dit systeem waarschijnlijk gekozen om de thema's verlies, opoffering en de strijd tegen de duisternis te benadrukken die centraal staan in het verhaal van Xenogears.