In het spel kies je je starter-Pokémon uit een selectie van drie:
* Chimchar (vuur)
* Turtwig (gras)
* Piplup (water)
In de game kun je geen andere Pokémon, waaronder Totodile, als startpartner kiezen.
Er zijn echter manieren om Totodile in het spel tegen te komen en ermee te communiceren:
* Rekrutering: Je kunt Totodile tegenkomen tijdens je avonturen en hem mogelijk voor je team rekruteren, net als elke andere Pokémon.
* Handelen: Je kunt Pokémon online of via een lokale draadloze verbinding met andere spelers ruilen, waardoor je mogelijk een Totodile kunt verkrijgen.
* Speciale evenementen: Er kunnen tijdelijke evenementen of downloadbare content zijn waarin nieuwe Pokémon worden geïntroduceerd, waaronder Totodile.
Om als Totodile te spelen, moet je naar andere Pokémon Mystery Dungeon-spellen of door fans gemaakte inhoud kijken.