Hoewel de Master Ball een hoofdbestanddeel is in de meeste Pokemon-spellen, ontbreekt hij met name in Pokemon Colosseum en het vervolg, Pokemon XD:Gale of Darkness. Deze beslissing is waarschijnlijk genomen om de focus van het spel op het vangen van Pokemon te benadrukken door het "Snap" -systeem te gebruiken, waarbij de vastberadenheid van de Pokemon wordt verzwakt in plaats van ze eenvoudigweg uit te schakelen.
Het ontbreken van een Master Ball in Colosseum en XD draagt bij aan de unieke uitdaging van het spel en moedigt spelers aan om de kunst van het vangen van Pokemon onder de knie te krijgen zonder de hulp van dit overweldigende item.