* Kryptoniet: Dit radioactieve mineraal van Supermans thuisplaneet Krypton is zijn bekendste zwakte. Blootstelling aan kryptoniet verzwakt Superman, waardoor hij ziek wordt en vatbaar voor verwondingen. Verschillende soorten kryptoniet hebben verschillende effecten, waarvan sommige dodelijker zijn dan andere.
* Magie: Hoewel Superman ongelooflijk sterk is, heeft hij blijk gegeven van kwetsbaarheid voor magie. Personages met magische vermogens hebben Superman pijn kunnen doen, zelfs als hij verder onoverwinnelijk is.
* Rode zonnestraling: De krachten van Superman worden gevoed door de gele zon van de aarde. Blootstelling aan rode zonnestraling, zoals die van zijn thuisplaneet Krypton, verzwakt hem en put uiteindelijk zijn krachten volledig uit.
* Bepaalde psychologisch gebaseerde aanvallen: Hoewel Superman ongelooflijk veerkrachtig is, kan hij kwetsbaar zijn voor psychologische aanvallen. Sommige schurken zijn erin geslaagd zijn menselijke emoties en gevoel voor moraliteit uit te buiten, waardoor hij zijn daden in twijfel trok en hem tijdelijk verzwakte.
Het is belangrijk om te onthouden dat de kwetsbaarheden van Superman door de jaren heen op verschillende manieren zijn onderzocht en afgebeeld, afhankelijk van de schrijver en het verhaal dat wordt verteld.