1. Aankomst van de Autobots en Decepticons: Het verhaal begint met de Autobots, geleid door Optimus Prime, en Decepticons, geleid door Megatron, die op de aarde neerstorten op zoek naar het AllSpark, een krachtige kubus die leven kan schenken en nieuwe werelden kan creëren.
2. Sam Witwicky's overname van het AllSpark: Sam, een jonge en gewone tiener, verwerft per ongeluk het AllSpark en wordt het belangrijkste doelwit van de Decepticons. Hij trekt onbewust de aandacht van beide facties en zet onbewust een reeks gebeurtenissen in beweging.
3. De jacht van de Decepticons op het AllSpark: Megatron en zijn troepen, geleid door Starscream, achtervolgen Sam meedogenloos om het AllSpark te bemachtigen. Ze ontvoeren zijn vriendin Mikaela om hem in hun val te lokken.
4. De tussenkomst van de Autobots en de vorming van een alliantie: Optimus Prime en de Autobots komen Sam te hulp en vechten tegen de Decepticons om hem en het AllSpark te beschermen. Ze sluiten een tijdelijke alliantie met het Amerikaanse leger, dat hen aanvankelijk als buitenaardse bedreigingen beschouwt.
5. De groeiende dreiging en de strijd om Mission City: De pogingen van de Decepticons om het AllSpark terug te halen worden steeds wanhopiger en destructiever. Ze vallen uiteindelijk de stad Mission City aan, waardoor een enorm slagveld ontstaat en onschuldige levens in gevaar komen.
6. De climaxconfrontatie bij de Hoover Dam: De Autobots en Decepticons gaan een laatste confrontatie aan bij de Hoover Dam, waar ze vechten om controle over het AllSpark te krijgen. Deze strijd wordt het keerpunt van het verhaal en duwt het conflict naar zijn hoogtepunt.
7. Het offer van Optimus Prime: Midden in de strijd offert Optimus Prime zichzelf op om het AllSpark te vernietigen, waardoor het uiteindelijke doel van de Decepticons wordt geëlimineerd en de Autobots kwetsbaar blijven.
Deze reeks gebeurtenissen culmineert in de climax, waar de Autobots moeten rouwen om Optimus Prime en de gevolgen van hun daden onder ogen moeten zien, wat de weg vrijmaakt voor de rest van de Transformers-franchise.