De mechanica van het spel draait om het vermogen van Shadow om Chaos Energy te gebruiken, waardoor hij speciale aanvallen kan uitvoeren, zoals Chaos Control en Chaos Blast. Je kunt ook Chaos-smaragden verzamelen verspreid over de niveaus, wat de vaardigheden van Shadow verbetert en hem toegang geeft tot speciale transformaties.
Als je wapens wilt gebruiken in een Sonic-game, denk je misschien aan een ander spel in de serie.