1. Verzamel de zeven Chaos-smaragden: Deze zijn verspreid over de levels van het spel en je hebt ze allemaal nodig om het eindgevecht te bereiken.
2. Geconfronteerd met Dark Gaia aan het einde van het spel: Nadat je alle zeven Chaos Emeralds hebt verzameld, sta je tegenover Dark Gaia in zijn ware vorm:een enorm, veelkoppig beest.
3. Gebruik de kracht van de Chaos Emeralds: Je gebruikt de gecombineerde kracht van de Emeralds om Dark Gaia te zuiveren. Hierbij wordt het "Super Sonic"-formulier gebruikt, dat wordt ontgrendeld door alle zeven Chaos Emeralds te verzamelen.
4. Voer de zuivering uit: Terwijl je in Super Sonic-vorm bent, ontketen je een krachtige aanval op Dark Gaia. Deze aanval doodt Dark Gaia niet, maar zuivert het in plaats daarvan, waardoor het evenwicht in de wereld wordt hersteld en het in zijn oorspronkelijke vorm terugkeert.
Het verhaal van de game concentreert zich op het idee van restauratie in plaats van regelrechte moord. Hoewel Dark Gaia destructief is, maakt het uiteindelijk deel uit van het evenwicht in de wereld, en het doel is om het terug te brengen naar zijn rechtmatige plaats.