Tijdens het spelen kunnen kaarten om verschillende redenen worden weggegooid, zoals:
- Het spelen van bepaalde trainer- en Pokemon-kaarten waarvoor andere kaarten als kosten moeten worden weggegooid
- Het weggooien als gevolg van bepaalde aanvallen, vaardigheden of effecten
- Vrijwillig kaarten uit de hand weggooien om aan het einde van de beurt kaarten uit de stapel te trekken
- Straf voor het overtreden van bepaalde spelregels, zoals proberen te veel basisenergie in dezelfde beurt te gebruiken.