* Afdrukrun: Sommige kaarten werden in zeer beperkte hoeveelheden gedrukt, zoals promotiekaarten of kaarten die bij specifieke evenementen werden uitgedeeld.
* Staat: De staat van een kaart heeft een grote invloed op de zeldzaamheid ervan. Een onberispelijke kaart in nieuwstaat zal veel zeldzamer zijn dan een zwaar bespeelde of beschadigde kaart.
* Editie: Verschillende drukken van dezelfde kaart kunnen verschillende zeldzaamheden hebben, waarbij vroege edities vaak gewilder zijn.
* Vraag: De populariteit van een kaart en de belangstelling van verzamelaars kunnen ook de waargenomen zeldzaamheid ervan beïnvloeden.
Hier zijn echter enkele kaarten die vaak tot de zeldzaamste worden beschouwd:
* De legendarische Exodia-set: Deze set van vijf kaarten is notoir zeldzaam, vooral de kaart "Exodia the Forbidden One", aangezien deze alleen beschikbaar was in de set "Legend of Blue-Eyes White Dragon".
* "Super Secret Rare" (SSR)-kaarten: Deze kaarten werden aanvankelijk in beperkte oplage gedrukt en zijn zeer gewild, vooral uit de oudere sets.
* "Gold Secret Rare" (GSR)-kaarten: Deze kaarten zijn geïntroduceerd in de set "Magician's Force" en zijn uiterst zeldzaam vanwege hun beperkte oplage.
* 'Ghost Rare'-kaarten: Deze kaarten zijn oorspronkelijk geïntroduceerd in de set "Duelist of the Roses" en hebben een uniek holografisch effect. Ze zijn zeer verzamelbaar en zeldzaam.
* "Limited Edition" (LE)-kaarten: Deze kaarten zijn in beperkte oplage gedrukt en worden vaak uitgedeeld bij speciale evenementen of toernooien.
Uiteindelijk is de zeldzaamste Yugioh-kaart degene die het moeilijkst in goede staat te vinden is en zeer gewild is bij verzamelaars.