Er zijn ook limieten voor het aantal bepaalde kaarten dat je in je kaartspel kunt hebben:
* Hoofddek: U kunt slechts 3 exemplaren van een specifieke kaart hebben in je hoofddek, behalve voor basismonsters die geen limiet hebben (zoals "Elemental HERO Shadow Mist").
* Extra kaartspel: Het aantal Extra Deck-kaarten dat je kunt hebben, varieert afhankelijk van het formaat. In het 'Master Duel'-formaat kun je bijvoorbeeld 15 kaarten hebben in je Extra Deck, terwijl het "TCG"-formaat 15 kaarten mogelijk maakt in het extra dek.
Houd er rekening mee dat u niet meer dan één kopie van een kaart in het Extra Deck kunt hebben.