Aphex Twin bespeelt een verscheidenheid aan instrumenten, waaronder de synthesizer, sampler, drummachine en sequencer. Hij staat ook bekend om zijn gebruik van computers en software om zijn muziek te maken. Hij heeft verschillende softwareprogramma's gebruikt, waaronder Ableton Live, Logic Pro en Max/MSP.
De muziek van Aphex Twin wordt vaak gekenmerkt door complexe ritmes, ingewikkelde melodieën en experimentele geluiden. Hij wordt beschouwd als een van de meest invloedrijke elektronische muzikanten van zijn generatie.