Het timbre van een fluit wordt bepaald door een aantal factoren, waaronder de materialen die zijn gebruikt om het instrument te maken, het ontwerp van het instrument en de manier waarop het wordt bespeeld. Fluiten zijn doorgaans gemaakt van hout of metaal, en de verschillende materialen produceren verschillende klankkleuren. Houten fluiten hebben een warmer, zachter geluid, terwijl metalen fluiten een helderder, doordringender geluid hebben. Het ontwerp van de fluit heeft ook invloed op het timbre. Fluiten met een grotere boring hebben bijvoorbeeld een donkerder, resonanter geluid, terwijl fluiten met een kleinere boring een helderder, meer gefocust geluid hebben. De manier waarop een fluit wordt bespeeld, heeft ook invloed op de klankkleur. Spelers kunnen bijvoorbeeld verschillende embouchures (de manier waarop ze hun lippen vormen) gebruiken om verschillende geluiden te produceren. Spelers kunnen ook verschillende articulatietechnieken gebruiken (de manier waarop ze noten starten en stoppen) om verschillende effecten te produceren.
Het timbre van een fluit is een belangrijk onderdeel van zijn muzikale identiteit. Het is wat de fluit zijn unieke klank geeft en wat hem zo’n veelzijdig instrument maakt. Fluiten worden gebruikt in een grote verscheidenheid aan muziekgenres, van klassiek tot jazz tot rock.