Mozart en Schikaneder werkten nauw samen aan de creatie van de opera. Aanvankelijk vatten ze het werk op als een sprookjesopera, maar na verloop van tijd ontwikkelde het zich tot een serieuzer en complexer werk waarin thema's als liefde, vriendschap en de zoektocht naar wijsheid en verlichting werden onderzocht.
Mozarts muziek voor Die Zauberflöte wordt gekenmerkt door schoonheid, variatie en emotionele diepgang. De opera bevat een breed scala aan muzieknummers, waaronder aria's, duetten, ensembles en refreinen, maar ook instrumentale passages die de dramatiek van het verhaal versterken.
Het succes van Die Zauberflöte verzekerde Mozarts reputatie als een van de grootste operacomponisten. Het wordt nog steeds regelmatig over de hele wereld uitgevoerd en wordt beschouwd als een van de meesterwerken van de operaliteratuur.