Deze boventonen geven elk muziekinstrument zijn unieke timbre of toonkleur. Een piano en een gitaar kunnen bijvoorbeeld dezelfde noot op dezelfde toonhoogte spelen, maar ze zullen anders klinken vanwege de verschillende boventonen die aanwezig zijn.
Het aantal en de relatieve sterkte van de boventonen in een geluid worden bepaald door de vorm, grootte en materiaal van het trillende object. Een snaarinstrument zoals een gitaar of viool zal bijvoorbeeld een andere set boventonen hebben dan een blaasinstrument zoals een fluit of klarinet.
De studie van boventonen wordt harmonischen genoemd . Harmonischen spelen een belangrijke rol in muziektheorie, compositie en uitvoering.