Ook beschikt de fluit over een sleutelsysteem waarmee de speler de toongaten gemakkelijk en snel kan openen en sluiten. Dit sleutelsysteem bestaat uit een reeks hendels en stangen die met de toongaten zijn verbonden. Wanneer een toets wordt ingedrukt, wordt het overeenkomstige toongat geopend, en wanneer een toets wordt losgelaten, wordt het overeenkomstige toongat gesloten.
Door de lengte van de luchtkolom te variëren en de toongaten te openen en te sluiten, kan de fluitist een breed scala aan noten produceren. De laagste noot die een fluit kan produceren is de C onder de middelste C, en de hoogste noot die een fluit kan produceren is de C drie octaven boven de middelste C.