* Piano: Hij heeft in interviews genoemd dat hij piano speelde en heeft er zelfs in sommige van zijn rollen op gespeeld.
* Gitaar: Hij is tijdens sommige van zijn televisieoptredens gitaar zien spelen en heeft zelfs met een band opgetreden.
* Drums: Hij heeft zijn drumvaardigheden in een paar optredens laten zien.
* Ukelele: Hij heeft een ukelele in huis en heeft interesse getoond om die te leren.
Hoewel hij geen professionele muzikant is, lijkt Neil Patrick Harris het leuk te vinden om voor de lol verschillende instrumenten te bespelen en heeft hij deze zelfs in zijn werk verwerkt.