De tekst beschrijft een wervelende romance die aanvankelijk perfect leek, maar al snel zijn donkere kant onthulde. De verteller zingt over hoe ze vanaf het begin wist dat er waarschuwingssignalen waren, maar deze negeerde vanwege de intense gevoelens die ze voor deze persoon had.
Gedurende het hele nummer gebruikt Swift metaforische taal en beelden om de emotionele onrust van de relatie over te brengen. Ze vergelijkt haar liefde met een ‘karmozijnrode vloek’ en een ‘medicijn’ waaraan ze verslaafd was, ondanks dat ze wist dat het schadelijk was.
Het refrein benadrukt het besef van de verteller dat ze er tot over haar oren in zat en de problemen had moeten zien aankomen:"Ik wist dat je problemen veroorzaakte toen je binnenkwam, dus schaam me nu."
De brug van het lied bouwt zich op naar een climax als de verteller haar frustratie en woede uit, en wenst dat ze terug kon gaan en haar beslissing om met deze persoon in zee te gaan ongedaan kon maken. Ze beseft dat ze zich door haar gevoelens heeft laten verblinden en daarvoor de prijs heeft betaald.
Het laatste refrein herhaalt de hoofdboodschap van het lied en versterkt het idee dat de verteller wist dat haar liefde in moeilijkheden was, maar zichzelf er toch in liet verstrikt raken.
Over het geheel genomen dient "I Knew You Were Trouble" als een waarschuwend verhaal over de gevaren van het negeren van rode vlaggen en het toegeven aan intense emoties in een relatie, wat uiteindelijk tot liefdesverdriet en spijt leidt.