Petrucci gebruikt sinds het begin van de jaren negentig Ernie Ball Music Man-gitaren en zijn kenmerkende modellen behoren tot de meest populaire gitaren ter wereld. Zijn kenmerkende modellen zijn onder meer de John Petrucci Majesty, de John Petrucci BFR en de John Petrucci JPX.
Ibanez
Petrucci gebruikte in de jaren tachtig en begin jaren negentig ook Ibanez-gitaren. Zijn bekendste Ibanez-gitaar is de Ibanez RG550, die hij gebruikte op de eerste twee albums van Dream Theater.
Fender Stratocaster
Petrucci heeft af en toe ook Fender Stratocaster-gitaren gebruikt, vooral voor zuivere en bluesachtige tonen.