Gottschalks muziek wordt vaak omschreven als ‘nationalistisch’ omdat het elementen van Amerikaanse volksmuziek en populaire muziek bevat. Hij gebruikte ook Afrikaans-Amerikaanse spirituals en andere elementen van Afrikaans-Amerikaanse muziek in zijn composities. De muziek van Gottschalk wordt vaak gekenmerkt door het gebruik van syncopen, improvisatie en virtuoze pianotechniek.
Enkele van de beroemdste composities van Gottschalk zijn "Bamboula", "The Banjo", "The Union" en "The Last Hope". Deze muziekstukken zijn allemaal representatief voor Gottschalks unieke stijl en zijn toewijding aan het creëren van uitgesproken Amerikaanse muziek.