Algemene betekenis
Veel mensen geloven dat het nummer gaat over uitbuiting, materialisme, geld en de commodificatie van muziek en kunst. De teksten suggereren een verteller die ontgoocheld is door de oppervlakkige en commerciële aspecten van de samenleving en zich gevangen voelt door de verwachtingen en eisen die aan hem worden gesteld. Het repetitieve refrein van het lied, 'Sliver of silver in the sand, raap het op, raap het op', zou een verlangen kunnen vertegenwoordigen om iets van waarde terug te halen, maar uiteindelijk alleen maar leegte vinden.
Bijbelverwijzingen
Sommige mensen denken dat het lied religieuze symboliek bevat, vooral vanuit het perspectief van Judas. De openingstekst 'Ik heb dit gevoel' zou kunnen verwijzen naar het verhaal van Jezus die bidt in de Hof van Gethsemane, waar Judas arriveert met een bende soldaten om Jezus te arresteren. Het genoemde ‘zilver’ zou kunnen verwijzen naar de dertig zilveren munten die Judas ontving voor het verraden van Jezus.
Persoonlijke ervaringen
Kurt Cobain, de zanger en songwriter van de band, haalde in zijn muziek vaak inspiratie uit zijn eigen leven en persoonlijke worstelingen. "Heart-Shaped Box" weerspiegelt mogelijk ook Cobains eigen ervaringen met drugsverslaving en depressie, evenals de druk die hij voelde van de muziekindustrie en media-aandacht.
De interpretatie is afhankelijk van de luisteraar
Het mooie van kunst en muziek is dat de interpretatie ervan individueel en subjectief is. De ultieme boodschap van "Heart Shaped Box" staat open voor interpretatie en kan variëren afhankelijk van het perspectief en de ervaringen van de individuele luisteraar.