2. Zoek een geheime basislocatie. Er zijn veel verschillende geheime basislocaties in Sinnoh. Enkele van de meest populaire locaties zijn:
* Het kleine eiland in Route 218
* De grot bij de ingang van de Lost Tower in Route 213
* Het huis in Pastoria City dat in aanbouw is
3. Gebruik de geheime basiskit. Zodra je een geheime basislocatie hebt gevonden, gebruik je de Secret Base Kit om je basis te creëren. Je kunt het type basis kiezen dat je wilt creëren, maar je kunt deze ook versieren met meubels en andere items.
4. Rekruteer teamleden. Je kunt andere spelers rekruteren om je bij je geheime basisteam aan te sluiten. Om dit te doen, praat met de persoon die u wilt rekruteren en selecteer de optie "Rekruteren".
5. Vecht tegen andere teams. Je kunt tegen de geheime bases van andere teams vechten door met de persoon bij de ingang van de basis te praten en de optie 'Gevecht' te selecteren. Geheime basisgevechten zijn 2-tegen-2-gevechten, en de winnaar is het eerste team dat de Pokemon van beide tegenstanders uitschakelt.
6. Verdien punten en beloningen. Je kunt punten verdienen door geheime basisgevechten te winnen en door geheime basismissies te voltooien. Je kunt punten gebruiken om items te kopen in de Geheime Basiswinkel, en je kunt ze ook gebruiken om je geheime basis te upgraden.