Naarmate het verhaal vordert, ontdekt Fiona dat haar ware schoonheid niet in haar fysieke verschijning ligt, maar in haar vriendelijkheid, liefde en innerlijke kwaliteiten. Ze kiest ervoor om in haar boemanvorm te blijven en haar ware zelf te omarmen, ongeacht de maatschappelijke normen. Shreks aanvankelijke vooroordeel tegen mensen en ogres wordt ook uitgedaagd, wat aantoont dat ware schoonheid verder gaat dan fysieke eigenschappen en vooropgezette ideeën.
De film versterkt de boodschap dat innerlijke schoonheid en het vermogen om lief te hebben en bemind te worden belangrijker zijn dan oppervlakkige fysieke schoonheid. De relatie tussen Shrek en Fiona onderstreept dit idee, aangezien ze ondanks hun fysieke verschillen liefde en acceptatie vinden.